Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated May 15, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1042)
1003	387 375 277 186	0.0461
1006	387 375 293 180	0.0504
1009	382 377 277 184	0.0005
1011	376 365 281 180	0.0010
1012	388 369 289 188	0.0115
1014	375 373 287 178	0.0202
1016	382 371 277 178	0.1939
1017	386 373 289 178	0.0005
1018	375 373 287 186	0.0077
1019	380 373 287 185	0.0010
1029	380 365 281 182	0.0365
1030	380 373 293 178	0.0029
1033	382 379 277 181	0.0014
1035	386 373 277 184	0.0043
1040	380 371 277 186	0.0154
1052	380 372 289 184	0.0101
1054	382 379 277 184	0.1233
1062	382 371 277 183	0.0005
1068	380 373 287 181	0.0120
1071	380 373 277 178	0.0005
1084	376 373 277 184	0.0014
1087	380 371 277 178	0.0034
1092	376 379 277 181	0.0945
1093	386 379 277 180	0.0149
1105	382 379 277 178	0.0005
1111	387 378 287 182	0.0034
1114	380 373 287 183	0.0168
1115	386 371 277 182	0.0912
1116	380 365 289 186	0.1056
1117	376 373 277 180	0.0504
1118	376 377 277 180	0.0010
1120	376 386 289 176	0.0010
1121	380 371 277 183	0.0053
1123	386 379 277 184	0.0014
1124	388 373 289 178	0.0053
1125	393 383 277 185	0.0182
1128	384 376 287 182	0.0010
1129	382 371 277 181	0.0010
1132	376 379 277 184	0.0010
1133	378 365 287 172	0.0182
1134	384 365 291 178	0.0010
1136	382 371 277 182	0.0005
1140	376 379 301 180	0.0024
1142	376 379 277 180	0.0043
1147	391 375 293 180	0.0014
1148	376 375 277 180	0.0024
1154	376 365 281 183	0.0072
1155	388 369 287 184	0.0005
1173	392 371 277 186	0.0024
1180	386 371 277 181	0.0005
1260	387 379 277 184	0.0005
1262	382 377 289 180	0.0010
1266	378 365 287 181	0.0010
1290	380 369 277 181	0.0005

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1042)
2001	343 324 284	0.0509
2003	343 324 282	0.2097
2005	339 322 280	0.0024
2006	339 325 280	0.0014
2007	351 327 280	0.0518
2008	339 327 276	0.0005
2011	345 322 284	0.0005
2012	345 322 280	0.0029
2014	339 322 284	0.0038
2016	339 323 284	0.0216
2017	343 322 280	0.0106
2018	339 324 284	0.0264
2021	339 324 268	0.0043
2022	339 327 282	0.1176
2023	341 323 282	0.0029
2024	343 323 280	0.0043
2028	345 327 288	0.0010
2032	339 323 280	0.0192
2033	339 323 282	0.0010
2035	341 323 280	0.0024
2037	341 327 280	0.0202
2040	345 327 280	0.0024
2053	343 324 280	0.0269
2066	339 324 280	0.1636
2068	339 327 284	0.0005
2070	347 324 282	0.1051
2071	339 322 286	0.0053
2072	339 325 282	0.0168
2073	339 327 286	0.0072
2074	341 324 284	0.0509
2075	341 327 282	0.0369
2076	345 322 282	0.0053
2077	347 325 286	0.0182
2079	343 323 278	0.0010
2082	339 325 268	0.0043
2087	347 324 280	0.0005

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1043)
1	AHT121	92	0.1051
		94	0.0725
		96	0.0019
		98	0.0101
		100	0.0480
		102	0.1022
		104	0.5408
		106	0.0345
		108	0.0811
		110	0.0014
		112	0.0024
2	AHT137	131	0.2315
		133	0.0662
		137	0.0815
		139	0.0374
		141	0.1750
		143	0.1141
		145	0.0081
		147	0.1980
		149	0.0666
		151	0.0206
		155	0.0010
3	AHTH130	117	0.0384
		119	0.2591
		121	0.0523
		123	0.0317
		125	0.3652
		127	0.1871
		129	0.0441
		131	0.0197
		133	0.0024
4	AHTh171-A	217	0.0010
		219	0.1579
		221	0.0014
		225	0.2562
		227	0.0283
		229	0.1876
		231	0.2826
		233	0.0192
		235	0.0374
		237	0.0283
5	AHTh260	238	0.1179
		242	0.0144
		244	0.2272
		246	0.2915
		248	0.2081
		250	0.1079
		252	0.0029
		254	0.0283
		258	0.0019
6	AHTk211	87	0.4736
		89	0.2284
		91	0.1468
		95	0.1392
		97	0.0120
7	AHTk253	284	0.0130
		286	0.0701
		288	0.6372
		290	0.0489
		292	0.2308
8	C22.279	116	0.1022
		118	0.2135
		120	0.0053
		122	0.0163
		124	0.2241
		126	0.1334
		128	0.0010
		130	0.3042
9	FH2001	124	0.0355
		128	0.0091
		132	0.4227
		136	0.0091
		140	0.0106
		144	0.4487
		148	0.0518
		152	0.0106
		158	0.0019
10	FH2054	148	0.0154
		152	0.0816
		156	0.2490
		160	0.1958
		164	0.0964
		168	0.1454
		172	0.1118
		176	0.1022
		180	0.0019
		184	0.0005
11	FH2848	230	0.0149
		232	0.2994
		234	0.0518
		236	0.0806
		238	0.0480
		240	0.2351
		242	0.2601
		244	0.0058
		246	0.0043
12	INRA21	91	0.1323
		95	0.1002
		97	0.3758
		99	0.0484
		101	0.1798
		103	0.1520
		105	0.0115
13	INU005	106	0.0010
		110	0.0331
		122	0.0144
		124	0.5840
		126	0.2179
		128	0.0067
		132	0.0288
		134	0.0038
		138	0.1104
14	INU030	144	0.6328
		146	0.0374
		148	0.0254
		150	0.1280
		152	0.1601
		154	0.0149
		156	0.0014
15	INU055	210	0.3806
		212	0.2095
		214	0.1002
		216	0.1232
		218	0.1817
		222	0.0048
16	LEI004	83	0.0005
		85	0.6377
		93	0.0005
		95	0.2270
		97	0.0110
		101	0.0019
		105	0.0005
		107	0.1142
		109	0.0067
17	REN105L03	227	0.0240
		229	0.0173
		231	0.2087
		233	0.0917
		235	0.0029
		237	0.1915
		239	0.0115
		241	0.4463
		245	0.0062
18	REN162C04	200	0.0379
		202	0.2241
		204	0.0499
		206	0.3896
		208	0.1286
		210	0.1699
19	REN169D01	202	0.0657
		204	0.0010
		210	0.1708
		212	0.0528
		214	0.0288
		216	0.4232
		218	0.0657
		220	0.1919
20	REN169O18	160	0.0729
		162	0.2126
		164	0.0413
		166	0.2303
		168	0.1847
		170	0.2260
		172	0.0321
21	REN247M23	266	0.0005
		268	0.4088
		270	0.1056
		272	0.1627
		274	0.0178
		276	0.2759
		278	0.0288
22	REN54P11	222	0.1756
		226	0.2692
		228	0.1051
		232	0.0888
		234	0.0605
		236	0.0437
		238	0.2572
23	REN64E19	139	0.1443
		143	0.0144
		145	0.0968
		147	0.3054
		149	0.0144
		151	0.0038
		153	0.4027
		155	0.0177
		157	0.0005
24	VGL0760	12	0.0345
		13	0.0585
		14	0.1027
		15	0.0101
		18.2	0.0998
		19.2	0.0029
		20.2	0.0168
		21.2	0.2303
		22.2	0.1718
		23.2	0.1593
		24.2	0.0528
		25.2	0.0293
		26.2	0.0307
		27.2	0.0005
25	VGL0910	13	0.0029
		14	0.0101
		16.1	0.0936
		17	0.0067
		17.1	0.1041
		18	0.0245
		18.1	0.0619
		19.1	0.1660
		20.1	0.0384
		20.3	0.0043
		21.1	0.3177
		22	0.0302
		22.1	0.1080
		23	0.0154
		23.1	0.0163
26	VGL1063	8	0.0254
		12	0.0859
		13	0.0384
		14	0.1977
		15	0.1032
		16	0.0072
		17	0.0840
		18	0.0701
		19	0.0451
		20	0.0835
		21	0.0897
		22	0.1579
		23	0.0120
27	VGL1165	14	0.0010
		15	0.0005
		16	0.0053
		17	0.0293
		18	0.1099
		19	0.0163
		20	0.0274
		21	0.1152
		22	0.0005
		23	0.0274
		25	0.0029
		26	0.3508
		27	0.0720
		28	0.1751
		29	0.0077
		30	0.0110
		31	0.0235
		32	0.0106
		33	0.0139
28	VGL1828	15	0.0149
		16	0.3100
		17	0.0048
		18	0.0235
		19	0.0326
		19.3	0.0029
		20	0.1099
		21	0.3575
		22	0.0633
		23	0.0797
		24	0.0010
29	VGL2009	9	0.0024
		10	0.0014
		11	0.1473
		12	0.0250
		13	0.2231
		14	0.2318
		15	0.2826
		16	0.0854
		17	0.0010
30	VGL2409	14	0.0125
		15	0.0710
		16	0.3301
		17	0.3177
		18	0.2150
		19	0.0024
		20	0.0413
		21	0.0101
31	VGL2918	12	0.0475
		13	0.2850
		14	0.1444
		15	0.0686
		16	0.0106
		16.3	0.0043
		17.3	0.0120
		18.3	0.0686
		19.3	0.0417
		20.3	0.0269
		21.3	0.0705
		22.3	0.2111
		23.3	0.0086
32	VGL3008	10	0.0005
		13	0.1262
		14	0.0082
		15	0.0715
		16	0.0264
		17	0.1017
		18	0.1531
		19	0.1838
		20	0.2044
		21	0.1051
		22	0.0110
		23	0.0082
33	VGL3235	11	0.0115
		12	0.0187
		13	0.1228
		14	0.2730
		15	0.3484
		16	0.0302
		17	0.0422
		18	0.0648
		19	0.0835
		20	0.0048

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1043	9.424	4.482	0.731	0.748	0.023
	SE		0.511	0.269	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1043	8.714	3.820	0.664	0.690	0.038
	SE		1.024	0.590	0.047	0.047	0.004

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1043	11	3.036	0.662	0.671	0.013
2	AHT137	1043	11	6.502	0.835	0.846	0.013
3	AHTH130	1043	9	4.114	0.724	0.757	0.044
4	AHTh171-A	1043	10	4.784	0.786	0.791	0.006
5	AHTh260	1043	9	4.844	0.775	0.794	0.024
6	AHTk211	1043	5	3.149	0.662	0.682	0.030
7	AHTk253	1043	5	2.142	0.491	0.533	0.078
8	C22.279	1043	8	4.610	0.756	0.783	0.034
9	FH2001	1043	9	2.602	0.626	0.616	-0.016
10	FH2054	1043	10	6.225	0.829	0.839	0.012
11	FH2848	1043	9	4.458	0.760	0.776	0.020
12	INRA21	1043	7	4.411	0.737	0.773	0.047
13	INU005	1043	9	2.482	0.594	0.597	0.005
14	INU030	1043	7	2.249	0.545	0.555	0.019
15	INU055	1043	6	4.048	0.718	0.753	0.046
16	LEI004	1043	9	2.121	0.529	0.529	-0.000
17	REN105L03	1043	9	3.462	0.679	0.711	0.045
18	REN162C04	1043	6	3.979	0.743	0.749	0.008
19	REN169D01	1043	8	3.885	0.735	0.743	0.010
20	REN169O18	1043	7	5.222	0.797	0.808	0.015
21	REN247M23	1043	7	3.546	0.702	0.718	0.022
22	REN54P11	1043	7	5.156	0.769	0.806	0.046
23	REN64E19	1043	9	3.492	0.709	0.714	0.007
24	VGL0760	1043	14	7.244	0.851	0.862	0.012
25	VGL0910	1043	15	5.980	0.813	0.833	0.024
26	VGL1063	1043	13	8.821	0.876	0.887	0.012
27	VGL1165	1043	19	5.321	0.756	0.812	0.069
28	VGL1828	1043	11	4.029	0.773	0.752	-0.028
29	VGL2009	1043	9	4.695	0.753	0.787	0.043
30	VGL2409	1043	8	3.801	0.715	0.737	0.030
31	VGL2918	1043	13	6.019	0.824	0.834	0.011
32	VGL3008	1043	12	7.024	0.850	0.858	0.009
33	VGL3235	1043	10	4.437	0.734	0.775	0.052

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1043	12	4.997	0.774	0.800	0.033
2	DLA I-4ACA	1043	12	4.694	0.756	0.787	0.039
3	DLA I-4BCT	1043	7	2.027	0.491	0.507	0.030
4	DLA1131	1043	11	6.581	0.825	0.848	0.027
5	5ACA	1043	6	3.576	0.688	0.720	0.045
6	5ACT	1043	5	2.129	0.500	0.530	0.056
7	5BCA	1043	8	2.737	0.611	0.635	0.037

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media